本发明公开了基于道路高清卡口数据的车辆轨迹分析方法及系统，该方法包括：获取道路路网中所有卡口在预设时间段内采集的卡口数据，形成数据集；根据获取的数据集，提取获得所有车辆按时间顺序经过的卡口和对应经过时间的卡口‑时间序列，形成第一序列集合；根据第一序列集合，截取所有在分析时段内经过待分析道路断面卡口的车辆的序列中，满足预设条件的子序列，形成第二序列集合；从第二序列集合中筛选出上游卡口子序列集合和下游卡口子序列集合；根据上游卡口子序列集合和下游卡口子序列集合，生成对应的车辆轨迹图。本发明可以真实、客观地了解车辆的来源和去向，使交通规划中，交通预测的基础数据更加完善和真实，可广泛应用于交通行业中。