一种分布式环境下嵌入式硬件辅助追踪轨迹同步方法，包括：向被测工程代码添加追踪配置以及周期性的GPIO翻转，将交叉编译后的结果下载至被测目标，将每个被测目标的SWO接口输出以及每个被测目标用作翻转的GPIO连接至每个分布式采集设备；建立NTP服务器并完成GPS授时；将分布式采集设备作为NTP客户端与NTP服务器，完成所有分布式采集设备的时间同步；控制所有分布式采集设备同时启动被测目标，也启动时间戳采集以及SWO接口输出数据记录，记录所有GPIO翻转的Unix时间戳与SWO接口输出的追踪数据；完成GPIO时间戳与SWO输出数据的对齐。本发明能够提供高可信、高稳定的硬件辅助追踪数据。