本发明公开了一种适用于多相钼合金的纳米硬度测量方法，该方法包括以下步骤：一、切取多相钼合金样品；二、将多相钼合金样品打磨后电解抛光，再清洗吹干；三、将经清洗吹干后的多相钼合金样品固定于纳米压痕仪的样品台上；四、对固定多相钼合金样品后的纳米压痕仪进行校准并确定多相钼合金样品的位置，然后获取多相钼合金样品表面的三维形貌分布并定位不同相的位置，再选点进行纳米硬度测量。本发明利用多相钼合金样品中不同相在电解抛光过程中电解腐蚀速率差异，在多相钼合金样品表面的三维形貌分布中直接区分不同相所在位置，实现多相钼合金的纳米硬度的精确测量，解决了现有技术中多相钼合金样品硬度过大难抛光、不同相难区分导致的难题。