本发明公开了一种地下水动态模拟实验系统及实验方法，该实验系统包括模拟实验箱、除氧装置、实验装置和辅助器具；该方法包括：一、土柱试样的制备；二、在有氧环境中配制地表水模拟水样；三、模拟缺氧环境；四、在缺氧环境中配制地下水模拟水样；五、地表水渗流模拟实验；六、地下水回渗模拟实验；七、地表水和地下水交互渗流模拟实验；八、测定采集的地表渗流水、地下回渗水和交互渗流水的酸碱度值、溶解氧的含量和抗生素浓度。本发明在模拟试验箱内，利用实验装置和辅助器具能够进行地表水渗流模拟实验、地下水回渗模拟实验以及地表水和地下水交互渗流模拟实验，解决了现有技术中不能准确研究污染物进入地下水的动态过程的问题。