本发明属于水性环氧树脂固化剂领域，公开了一种水性超支化聚酯基环氧固化剂的制备方法，包括如下步骤：将固态端羧基超支化聚酯树脂在丙二醇甲醚醋酸酯助溶剂中加热至溶解；再加入单端环氧聚二甲基硅氧烷和催化剂，混合均匀后，在100℃～130℃条件下，反应4～5h；将上述反应物冷却后，再加入有机胺中和，最后加水高速搅拌，得到水性超支化聚酯基环氧固化剂水分散液。本发明整个工艺流程简单，制备的水性超支化聚酯基环氧固化剂赋予水性环氧涂层优异的韧性、低表面能和优异的耐腐蚀性能。