本发明公开了改性的端羧基超支化聚酰胺树脂及其制备方法与应用，该制备方法由以下步骤组成：将二元胺和三元酸混合均匀后加热至７０～９０℃，加入氨基硅油和二甲苯；在１８０～２１０℃下加热１～３ｈ后，升温至２２０～２４０℃，加热１～３ｈ后；降温至９０℃，加入有机溶剂，有机硅低聚物和１～５％的交联催化剂；加热至１１０～１２０℃，加热２～３ｈ；降温至９０℃，最后加入有机溶剂调整固含量为６０～７０％。该方法将在合成端羧基超支化聚酰胺时，加入端氨基硅油，提高聚酰胺的耐热性能和柔韧性；将有机硅低聚物和聚酰胺进行交联反应，提高聚酰胺的耐热性能。本发明制备的树脂可以用于制备耐高温低表面能涂料。