本发明公开了一种龙须菜功能性低聚糖的制备方法，包括如下步骤：将龙须菜粉末加入水溶液中，搅拌提取，得龙须菜多糖提取液；浓缩，向浓缩液中加入乙醇，搅拌离心过滤得到沉淀物；对所得的沉淀物进行干燥、粉碎，得到龙须菜粗多糖；放入反应釜中，加水搅拌，反应，冷却，得到龙须菜粗多糖水解液；将龙须菜粗多糖水解液离心过滤，滤液过超滤膜纯化，得到透过液；将透过液旋蒸浓缩，加入乙醇静置，离心过滤，得到沉淀物；对沉淀物进行干燥，研磨，包装。本发明制备的龙须菜低聚糖能够促进益生菌生长增殖并产酸，具有益生活性，是一种功能性低聚糖。该方法简单、经济、环保，应用范围广。