本发明公开了一种水蛭高Ｆ值寡肽及其酶解制备方法与应用，制备方法包括：（１）水蛭干体初步清洗除杂，高速粉碎；（２）原料碱预浸泡；（３）碱性蛋白酶Ａｌｃａｌａｓｅ　ＡＦ　２．４Ｌ结合木瓜蛋白酶双酶水解；（４）采用活性炭粉静态吸附脱除芳香族氨基酸；（５）以凝胶过滤层析柱进一步分离纯化，收集分离产物，冷冻干燥，获得分子量低于２０００Ｄａ，Ｆ值（Ｆｉｓｃｈｅｒ　ｒａｔｉｏ，即支链氨基酸与芳香族氨基酸摩尔含量的比值）高于２０的水蛭寡肽粉。本发明公开的制备过程简单，选用碱性蛋白酶和木瓜蛋白酶两种商业用酶，易于工业生产，产率较高，具有一定的抗凝血效果，并为高Ｆ值类产品增加了新来源。