本发明公开了一种具有美容功效的功能性肽及其制备方法和用途，该功能性肽是弹性蛋白肽和胶原蛋白肽复合产品，其制备方法包括以下步骤：分别将弹性蛋白和胶原蛋白原料用NaCl溶液和NaOH溶液浸泡以去除油脂，然后经离心或绞碎得到弹性蛋白和胶原蛋白粗提物，将两者混合后用蛋白酶酶解，酶解液经喷雾干燥后得到具有美容功效的功能性肽。本发明方法利用生物酶解技术对弹性蛋白和胶原蛋白同时作用，在释放具有美容功效的弹性蛋白肽和胶原蛋白肽的同时，更是使两者在酶解过程更好的融合。采用本发明方法制得的弹性蛋白肽和胶原蛋白肽复合产品的保湿、抗皱功效明显，可显著提高皮肤中的含水量以及胶原蛋白含量。