本发明公开了α螺旋自组装短肽及其在蛋白质纯化中的应用，属于基因工程领域。该α螺旋自组装短肽的氨基酸序列如SEQIDNO:1、SEQIDNO:2或SEQIDNO:3所示。将该α螺旋自组装短肽与目的蛋白形成的融合蛋白在宿主细胞内表达后形成有活性的聚集体，通过表达所述融合蛋白来生产和纯化目的蛋白。本发明的α螺旋自组装短肽可以诱导融合蛋白形成大量的有活性的蛋白聚集体，纯化得到的目的蛋白产量和纯度都很高，而且该纯化方法对设备要求低，不需要纯化柱，生产成本低，操作简便，可应用于蛋白质的生产和纯化中。