本发明公开了一种选择性提取酵母细胞蛋白质的方法，包括以下步骤：（１）将酵母进行活化，得到酵母悬浮液；（２）对步骤（１）得到的酵母悬浮液采用脉冲电场处理，得到酵母提取液；（３）步骤（２）得到的酵母提取液，经离心取沉淀、水洗后得到细胞碎片；（４）将步骤（３）所得细胞碎片制成细胞碎片悬浮液；（５）将步骤（４）所得细胞碎片悬浮液输送到高压均质机进行高压均质处理，得到富含蛋白质的提取液。本发明的方法成本低，效率高，避免了细胞破壁率过高，细胞溶出物复杂，后续繁琐的蛋白质分离工艺。