本发明属于植物成分提取技术领域，公开了一种经B酸DES水解制备薯蓣皂苷元的方法。将氯化胆碱与B酸加热熔融，得到DES；将盾叶薯蓣地下根茎原料粉末与DES和石油醚加入到反应器中，升温至100～130℃搅拌水解反应，反应液经过滤或离心分离，取液相石油醚相，蒸发回收石油醚，剩余固相采用水饱和的正丁醇溶液萃取其中的薯蓣皂苷元；蒸发回收正丁醇与水，得到薯蓣皂苷元。本发明利用B酸DES与薯蓣皂苷之间能形成强氢键的特性，从而使DES能够选择性的萃取原料中的薯蓣皂苷进行水解；该方法反应选择性好、低污染、反应条件温和，解决了传统水解工艺会将原料中纤维素、淀粉一同水解成糖所带来的高污染问题。