一种脱糖脱色无患子皂苷及其制备方法，包括如下步骤：（１）将粉碎后的无患子果皮和提取溶剂以质量比１∶２～６进行提取，提取三次，合并三次提取液；（２）将合并后的液体用板框过滤机过滤；板框过滤后的液体经微滤装置进行微滤；（３）微滤透过液经过大孔吸附树脂柱后，用去离子水洗脱，然后用体积百分比为４０％－９５％的乙醇水溶液洗脱，收集乙醇洗脱液；（４）乙醇洗脱液经减压蒸馏回收乙醇后得到的溶液由纳滤或反渗透进一步浓缩；浓缩后的液体经喷雾干燥制成粉后，再经造粒；（５）最后经超临界ＣＯ２脱色，即得到脱色后的无患子皂苷。