本发明属于中药领域，公开了一种石蒜中异喹诺酮类生物碱化合物的制备方法。所述方法：(1)采用乙醇溶液加热回流提取石蒜粗粉，浓缩，用水溶解，采用石油醚萃取，将下层水相用乙酸乙酯萃取，再将下层水相采用正丁醇萃取，得到正丁醇相；(2)将正丁醇相浓缩，烘干，甲醇溶解，过硅胶柱，用体积比为9:1的氯仿?甲醇洗脱，合并比拟值相同的馏分；过硅胶柱，选用体积比为4：1的氯仿?甲醇洗脱，合并比拟值相等的馏分；过凝胶柱，用体积比为1:1的甲醇?水洗脱，合并比拟值相等的馏分；过ODS柱，采用体积比为7：3的甲醇?水洗脱，合并比拟值相等的馏分，烘干，得到水仙环素。本发明的水仙环素纯度高达95％；提取方法简单，得率高。