本发明属于混凝土的技术领域，公开了一种基于骨架结构的高强、高透水混凝土配合比设计方法。方法：1)确定混凝土抗压强度及透水系数的目标值；2)依据抗压强度，设定基体强度、接触区浆体总面积；3)依据透水系数和接触区浆体总面积，计算接触点数目，确定骨料平均粒径并修正接触点数目；4)根据接触区浆体总面积与修正接触点数目，计算接触区浆体平均面积，再根据浆体包裹层厚度、骨料平均粒径确定骨料间浆体厚度并计算浆体/骨料比；5)调控水泥浆体组成，使浆体实际强度≥设定基体强度；6)依据浆体/骨料比、骨料粒径和水泥浆体组成，得混凝土配比。本发明的方法能高效、快速地设计满足性能需求的混凝土，实现混凝土性能的可控设计。