本发明提供了一种生物活化曝气工艺处理水体中痕量ＰＰＣＰｓ的方法，具体包括下述步骤：（１）在生物活化曝气好氧处理前３～５天，每天向一级好氧池中投加总浓度为１０～８０ｍｇ／Ｌ的生物活化剂；（２）将含痕量ＰＰＣＰｓ的水体进行三级好氧处理，曝气量为第一级∶第二级∶第三级＝５～４∶３～２∶２～１；进水速度０．０１ｍ／ｓ～０．１ｍ／ｓ，曝气运行１０～２０小时；使用该方法处理运行费用低，占地面积小，无剩余污泥产生，操作和维护过程简单，不需建造复杂的设备，易于推广和应用。通过本发明的方法所处理含痕量ＰＰＣＰｓ的水体，脱除效率可达７０％～９５％。