本发明公开了一种利用微波－超声制备稳定小分子团水的方法。该方法的步骤如下：将原水通入去离子设备，得到电导率小于１０ｕｓ／ｃｍ的去离子水；将去离子水进行超声处理，同时加入微波作用，得到经处理的水；将经处理的水自然冷却至室温，得到稳定的小分子团水。本发明制备的小分子团水团簇分子少，渗透率高，易于吸收，同时能长时间保持小分子团水的特性，稳定性好；制备方法简单，能连续操作，流通量大，经济性好。