本发明公开了一种含磷有机废水多段除磷产磷化氢的装置，包括厌氧反应器、微生物燃料电池以及微生物电解池，厌氧反应器的出水管与微生物燃料电池的阳极进水管相连接，微生物燃料电池的阳极出水管接到微生物电解池的进水管上，微生物燃料电池的电量输出端接到微生物电解池的电源端口上。本发明中有机废水首先经过厌氧序批式反应器，利用微生物的代谢作用实现有机废水中的有机磷和蓄闭态磷向磷酸盐的转化，再经过微生物燃料电池和微生物电解池的处理，避免了以往除磷产磷化氢工艺将微生物厌氧过程作为产磷化氢主要过程，而导致的除磷效率低下的问题。