本发明属于废水处理的技术领域，公开了一种含磷有机废水多段除磷产磷化氢的方法。所述方法包括配置厌氧反应器、微生物燃料电池以及微生物电解池，三者依次连接，所述微生物燃料电池的外接电路设置有蓄电池，所述蓄电池通过稳压装置为微生物电解池提供稳定电源；含磷有机废水经过厌氧反应器的厌氧处理，再引入接微生物燃料电池的阳极室，启动反应产生电能，随后废水从燃料电池的出水口引入微生物电解池的阴极室和阳极室，在３．２Ｖ的电压下，废水中的磷酸盐、质子与电子反应形成磷化氢。本发明提高了除磷效率；产生的磷化氢纯度较高，提高了系统的经济价值；本发明利用燃料电池为电解池提供电能，减少了能源消耗，实现了高效环保。