本发明属于纳米复合材料技术领域，公开了一种以木质素为碳源的磁性碳纳米微球及其制备方法。所述制备方法为：将木质素和乙酰丙酮铁溶于Ｎ，Ｎ?二甲基甲酰胺中，得到含有乙酰丙酮铁的木质素静电喷溶液，然后通过静电喷得到含有乙酰丙酮铁的木质素纳米微球；将所得木质素纳米微球在２５０～２８０℃温度下进行预氧化，然后在４００～９００℃温度下进行碳化处理，得到所述以木质素为碳源的磁性碳纳米微球。本发明的制备方法原材料易得，节能环保，所得产物微观形貌、分散性能和磁性能良好，在信息、能源、探测和生物等领域中有较好的应用前景。