本发明涉及一种ＧａＮ基倒装ＨＥＭＴ器件结构及其制备方法。ＧａＮ基倒装ＨＥＭＴ器件结构包括基板、电极焊盘、电极、绝缘介质膜、外延层和导电通孔。所述外延层包括ＧａＮ缓冲层和ＡｌＧａＮ势垒层，栅电极一端穿过绝缘介质膜与栅电极焊盘连接，栅电极另一端与外延层的ＡｌＧａＮ势垒层连接，所述外延层通过栅电极焊盘与基板粘合在一起；所述基板、栅电极焊盘、绝缘介质膜、ＡｌＧａＮ势垒层、ＧａＮ缓冲层自下而上排布。本发明的ＨＥＭＴ器件外延片与散热基板通过栅电极焊盘连接，散热性能明显改善。另外源漏栅电极焊盘在外延层上方，没有刻蚀掉无用的外延层，外延层的有效利用率提高。本发明还提供一种ＧａＮ基倒装ＨＥＭＴ器件的制备方法。