一种自对准底栅薄膜晶体管及其制备方法，制备方法包括以下步骤：依次在衬底上沉积导电薄膜、绝缘体薄膜和图案化的疏水聚合物薄膜；采用湿法刻蚀工艺，保留疏水聚合物薄膜覆盖下的绝缘体薄膜和导电薄膜；再在疏水聚合物两侧沉积绝缘体薄膜、然后采用喷墨印刷工艺制备源漏电极；疏水聚合物被除去后，在栅介质层和源漏电极之上沉积半导体薄膜作为薄膜晶体管的有源层。本发明制备工艺简单，成本低，能够减少寄生效应，可应用于制备短沟道器件。