本发明公开了一种基于动态用户均衡交通分配的碳支付排放收费方法，包括以下步骤：确定基于平均速度的修正路段排放模型；确定基于路段供给需求量的动态网络加载方法；基于排放目标的动态用户最优交通排放模型；确定碳支付收费方法，设置基于路段排放阈值的收费模型，对每个路段设置相应的排放阈值，当出行用户通过该路段的排放量超过设定阈值时，需要支付一定的排放费用。本发明建立交通分配模型与车辆排放模型之间的关系，通过该收费方法改变出行者的决策，一定程度上减少出行需求或者在考虑多模式交通分配中促使出行用户选择排放量更少的出行模式，从而降低路网排放。