本发明公开了一种信号控制交叉口机动车冲突概率预测方法，包括步骤：1)选定研究的交叉口，获取交叉口几何信息、交叉口管理策略、信号配时方案、交叉口交通流数据及车辆相关参数；2)在选定交叉口的设计图形上均匀划分栅格单元；3)建立各进口道车流轨迹方程，确定轨迹冲突区域内的栅格作为研究对象；4)建立各车道车辆横向偏移和到达概率模型，计算各流向车辆出现在对象栅格中心点的概率；5)以信号配时方案与车流运行特征为基础，将信号周期划分为若干个信号阶段；6)用不同的颜色可视化输出交叉口所有对象栅格不同阶段的冲突概率数值。本发明可解决信号控制交叉口内部区域的冲突概率预测问题。