本发明公开了一种基于三维结构的干旱对净初级生产力影响的评估方法，包括以下步骤：基于实际蒸发数据和潜在蒸散发数据计算标准化蒸发赤字指数；基于归一化植被指数、潜在蒸散发、土地利用数据计算净初级生产力；通过三维空间结构聚类识别干旱灾害，得到干旱灾害识别信息；基于干旱灾害识别信息对净初级生产力的影响，判别干旱特征与净初级生产力的变化关系，得到评估结果；本发明明确了干旱三维结构的识别所需的指数和过程，更加符合区域干旱发展的形成机理，从而使评估结果更加真实地反映实际情况，可以为防旱抗旱提供重要的基本信息。此外，本发明聚焦干旱三维结构内净初级生产力变化，更加精准评估影响且操作简单方便。