本发明公开了一种基于多蚁群系统的多目标供应链配置方法，包括：将用于存放帕累托解的集合PS和存放帕累托前沿的集合PF置为空集合；对多目标供应链配置问题中的数据进行预处理，并初始化信息素τ0；设置集合newPS0和newPS1分别用于存放当前迭代中两个蚁群系统新生成的帕累托解，并把这两个集合置空；按照节点优先级顺序，针对每个解，贪心的计算启发式信息η并构造解xc,k，局部更新信息素τ，并更新集合PS和PF；检查解xc,k是否是帕累托解；针对每个蚁群，判断是否未构造完popsize个个体；判断两个蚁群是否已未构造完成；全局更新信息素τ；采用局部搜索策略改进PS中的解；判断程序终止条件是否满足。