本发明公开了一种运用遗传算法优化碎纸片拼接复原问题的方法，首先，进行基因差异度评估，确定各基因间水平和竖直拼接差异度；然后，按照预设编码方式初始化整个种群，并利用基因差异度对种群中的染色体适应度进行评估，记录最优染色体；随后，进入算法进化流程，每次随机选择种群中染色体作为父母染色体组成交叉组合，执行交叉算子并产生子代染色体，随机选择四种变异算子的一种对新生成染色体进行变异，并将变异后的染色体插入种群中，在执行完成交叉变异算子后，从新种群中择优选择最优的若干个体组成新的种群。若达到终止条件，则终止进化，输出最优染色体的基因排列情况，否则继续返回进化流程进行种群进化。