本发明公开了一种基于加权基分类器的stacking集成污水处理故障诊断方法，用均值法补全污水数据中属性不完整的样本的缺陷项，将其归一化到[0,1]区间中；设置基分类器隐层节点数、正则化系数、核宽度的最优参数；利用处理好的训练样本对基分类器进行3折交叉验证，获得基分类器的原始输出，并得到每个基分类器对于训练样本集的G?mean值；根据基分类器G?mean值，定义权值计算公式，得到每个基分类器的输出权值；将基分类器的原始输出转化为概率型输出，结合其输出权值，构造出元训练集；利用元训练集对元分类器进行训练，得到最终的诊断模型。本发明可以提高污水处理过程中故障诊断的整体性能。