本发明公开了一种电磁驱动微镜的扫频建模方法及系统，该扫频建模方法包括：采集输入输出数据，对电磁驱动微镜输入幅值一定、频率从低到高若干组正弦信号，测量并记录输出信号；分析输入输出数据，对照输入信号和输出信号，统计各频率点系统的幅值增益、相位变化，绘制电磁驱动微镜系统的伯德图；分析输入输出数据，将电磁驱动微镜系统的伯德图与标准Ｎ阶系统模型伯德图对比，确定电磁驱动微镜实际系统模型；系统模型有效性验证，分别通过静态特性分析和动态特性分析验证系统模型是否与实际系统接近。该电磁驱动微镜建模方法能够观察系统全频段的幅值、相位响应；确定系统的阶次，获得系统的共振频率、阻尼等参数，模型准确性高。