本发明公开了一种基于保序子矩阵的约束双聚类挖掘及缺失值预测方法，包括以下步骤：S1、接收请求并挖掘数据矩阵的双聚类模式；S2、计算行和列的重叠度和覆盖率；S3、判断行列覆盖率是否收敛，若否则进行步骤S4，否则进行步骤S9；S4、随机打乱数据矩阵中行和列的排列顺序，对候选列集合排序；S5、判断候选列集合是否为空；S6、判断候选列集合中是否存在合格列；S7、根据新选出的合格列扩展双聚类模式的列集合和行集合；S8、判断当前双聚类模式是否符合稀疏保序子矩阵模型的要求；S9、计算每个双聚类模式的缺失值；S10、返回最终的双聚类集合和缺失值。因此，本发明有效地提高了双聚类模式的质量和缺失值预测的准确性。