本发明公开了一种无人船协同编队的水下探测方法。该方法具体包括以下主要过程：基于环境信息建立栅格地图，将无人船编队后进行区域覆盖数据探测，当陷入死角或该轮覆盖结束时，搜索最近的未覆盖区域，并规划出一条路径到达该区域继续任务；同时，每搜无人船均有避障功能和无人船出现障碍时的解决办法。本发明利用小型无人船进行探测，可在浅水区域自由通行；本发明采用无人船编队方法进行探测，可从不同角度探测，克服单无人船本身以及超声波探头角度限制带来的误判；本发明使用水面和水下超声波探头，避障范围不止局限于水面障碍物，也能探测到水下障碍物，避免因水下暗礁造成的碰撞；当某无人船突发故障时，其余无人船可重新规划继续任务。