本发明提供一种基于单波束的浅水随波扫描探测系统及其工作方法。该系统包括水上随波扫描探测端和远程控制端；水上随波扫描探测端实现水上探测工作和数据发送工作；远程控制端实现数据处理功能和远程控制功能；水上随波扫描探测端和远程控制端通过网络传输实现实时交互。该系统在波浪摇摆下，系统可探测偏离船只正下方一定距离的多个水深点，由此增大探测范围，以达到随波扫描探测的效果，提高探测效率。系统通过检测探测船只相对于水平面的倾斜角进行波浪效应下的深度校正和坐标校正，得到真正探测点的准确探测数据。根据波浪大小和所测水深自适应调整发射信号的发射速率。本发明利用波浪效应增大探测范围。本发明具有简易高效、经济适用的优点。