本发明提供了一种微流控光纤生物传感器及其制备方法，微流控光纤生物传感器包括光源、传输光路、生物样品流路、信号光采集光路和信号处理装置，其制作方法包括以下步骤：将光纤中间局部位置拉制成直径小于１０μｍ，长度为１ｍｍ～１０ｃｍ细丝；然后将拉制的细丝紧密缠绕在直径小于２ｍｍ的毛细管的外壁上；将光源发出的光耦合进入光纤的一端，光纤的另一端与数据处理系统连接。在毛细管中通入带荧光标记的生物样本，根据荧光强度等光学信息测定生物样品浓度，本发明可替代目前将光纤制作成光纤探针的倏逝波测试技术，并与微流控技术相结合，便于微量生物样本的动态实时检测。