本发明公开了在线微波辅助手性衍生?液质联用分析系统，包括在线微波辅助手性衍生装置和液相色谱／质谱装置；所述在线微波辅助手性衍生装置，包括第一色谱泵、自动进样器、二通混合器和微波合成仪；第一色谱泵推送的乙腈依次流经自动进样器、二通混合器、微波合成仪中的反应管；所述液相色谱／质谱装置，包括第二色谱泵、第三色谱泵、六通切换阀、三通微型混合器、色谱柱、质谱检测器。本发明还提供了基于上述装置的在线微波辅助手性衍生?液质联用分析方法。本发明的装置集混合、反应、分离、检测于一体，全过程采用机械驱动与软件控制，能减小人为操作带来的误差，大大提高方法的精密度与准确度。