本发明提出一种软硬件联合调整的超声探测直达波消除系统及方法。该系统包括信号发生模块、发送探头、接收探头、探头位置微调控制模块、信号转换模块和信号控制处理模块。该方法在硬件方面通过加入一个探头位置微调控制模块，调整参考信号对应的接收探头，通过探头的调整，改变参考信号。在软件方面通过自适应滤波计算，在多次计算结果中选出最小的均方误差期望，进而选出最合适的一个参考信号，得出直达波消除后的目标反射信号。本发明接收到的两路信号幅度、频率等参数差别不大，引入的计算误差小，又加入硬件调整克服参考信号不变的缺点，达到硬件改变参考信号，软件自适应滤波的效果，软硬件结合，提升滤波精度。