本发明公开了一种考虑两相有功功率平衡的相间电纳配置方法。该方法包括：1）连续一个月采集配电变压器低压侧母线各准点时刻的三相有功功率数据，并将采集到的有功功率数据分相计算得到各相有功功率平均值；2）判断三相有功不平衡度是否超过25%，若是，则选择有功功率分别为最大和最小的两相作为配置相；3）根据两个配置相之间的相序关系，判断应配置并联的是电容还是电感；4）测量两个配置相的电压值，根据功率平衡评估公式计算最终配置的电容或电感容量。本发明方法通过跨接电纳进行有功功率的相间转移，使有功功率差异最大的两相达到基本平衡，有效降低三相不平衡度，从而实现减少线路和配电变压器损耗、提高配电变压器负荷承受能力的目的。