本实用新型公开了一种具有双层结构的双频基片集成波导带通滤波器，包括构成基片集成波导的下层结构和上层结构，所述下层结构包括第一金属片、第一介质基板、第二金属片以及多个下层金属通孔；所述下层金属通孔将第二金属片围成第一谐振器和第二谐振器，所述第一谐振器加载有第一过孔，并蚀刻出第一缝隙，所述第二谐振器加载有第二过孔，并蚀刻出第二缝隙；所述上层金属通孔将第三金属片围成第三谐振器和第四谐振器，所述第三谐振器加载有第三过孔，所述第四谐振器加载有第四过孔；所述第一谐振器通过第一缝隙与第三谐振器耦合，所述第二谐振器通过第二缝隙与第四谐振器耦合。本实用新型的滤波器品质因数高，具有体积小、设计简单、性能好的优点。