本发明公开了一种可验证的后量子电子投票系统及其实现方法，该系统包括认证中心、用户端、验证服务器、计票服务器、验证程序、以及公告板；所述认证中心对用户的身份进行验证，为每一位合法的用户生成身份ID并对其进行签名；所述用户端向认证中心证明自己的身份，接收身份ID签名，对自己的选票进行加密，并将选票密文与身份ID签名发送给验证服务器；所述验证服务器包括两台服务器，由这两台服务器共同完成对选票合法性的验证和同态计票工作；所述计票服务器对部分同态计票密文进行解密，并将其发布在公告板上；所述验证程序验证计票服务器是否进行了正确计票。本发明系统及其实现方法能够有效抵抗量子计算机的攻击，同时具有很高的运算效率。