本发明公开了一种成比例MSER自适应判决反馈均衡系统，包括：误码指示器、均衡模块、以及判决反馈单元；所述均衡模块包括滤波器、抽头系数更新单元和步长更新模块；本发明还公开了一种成比例最小误码率自适应判决反馈均衡系统的实现方法，包括以下步骤：S1)设置稀疏对角矩阵的初始值Gf,1和Gb,1以及滤波器系数的初始值w0和b0；S2)计算滤波输出信号yk；S3)计算误码指示器结果Ik；S4)分别更新稀疏对角矩阵Gf,k?1和Gb,k?1为Gf,k和Gb,k；S5)分别更新滤波器系数wk?1和bk?1为wk和bk；S6)重复步骤S2～S5，直至均衡器系数收敛为止。本发明的系统及方法具有简单易实现，使用较少的训练符号在水声通信中便可达到优良的系统性能。