本发明公开了一种基于子带选择激活的多带双曲调频扩频水声通信方法。本发明提出了将水声系统可用带宽划分为多个子带，每个子带分别进行双曲调频，在同一个调频周期内，对多个子带进行扩频调制，实现多带并行传输。在此基础之上，在每个调频周期内，将划分的多个子带进行分组，每个子带组根据传输数据的不同选择激活不同的子带进行传输。相对于其他的水声双曲调频通信方案，本发明进一步提高了系统的频带利用率，同时能量效率也有所改善。