本实用新型公开了一种基于相变传热元件的水冷散热双通道系统，包括：主散热链路、辅散热链路、控制器、流速传感器、装有冷水的主水槽；流速传感器设置在主散热链路上；所述主散热链路的一端、辅散热链路一端均和热源件连接，所述主散热链路的另一端、辅散热链路另一端均和主水槽连接，所述流速传感器和第一控制器连接；所述辅散热链路，用于当流速传感器检测到主散热链路水流速度异常时，则辅散热链路和主水槽之间进行水循环，水循环流动过程中带走热源件的热量。本实用新型在主散热链路被堵塞、热源件温度超高预设温度时等故障情况时，辅散热链路工作对热源件进行散热，保证数据中心的持续的安全可靠运行。